행성들간의 다툼이 끊이지 않는 이 은하계에서 은하 공화국은 수 천년 동안 평화의 보루로 우뚝 서왔다. 충성스러운 제다이 가디언들이 지키는 은하 공화국은 문명의 발전과 은하계의 단결이란 이념을 고수한다.

그러나 미지의 우주(unknown space) 어느 깊은 곳에 강력한 시스 제국이 세워졌다. 제국을 이끄는 시스의 다크 로드는 은하계 정복과 오랜 맞수인 제다이에 대한 복수를 꿈꾼다. 수 백년의 준비 끝에 마침내 시스가 돌아온다.

대규모 함대와 두려움을 모르는 병사들로 구성된 장엄한 군대를 이끌고 시스 황제는 기습 공격을 감행, 순식간에 아우터 림의 수 십개 행성계들을 정복하고 은하계 역사에 일찌기 없었던 새로운 전쟁을 일으킨다.

꽁꽁 얼어붙어 쓸모없는 일룸(Ilum) 행성부터 다쏘미르(Dathomir) 같은 사막 행성까지 격렬한 전투로 수 억명의 사상자가 발생한다. 일찌기 중립을 선포한 물로 덮인 마나안(Manaan) 행성은 바다 위 건물들이 완전히 파괴되어, 셀카스 족은 바다 속으로 몸을 숨긴다. 다른 행성계들은 행성 자체가 아예 파괴되거나 살 수 없는 환경으로 바뀌는 등 더욱 처참한 운명을 맞이한다. 급기야 시스 제국은 은하 공화국의 수도 행성 코러산트(Coruscant)까지 약탈한다. 공화국 의회가 굴욕적인 코러산트 조약(Treaty of Coruscant)에 서명하면서 비로소 시스 제국의 대학살이 멈춘다.

조약이 맺어진 후, 공포와 불안감이 은하계를 사로잡으면서 시스 황제는 그 자신만 알고 있는 비밀 목표를 추구할 수 있게 된다. 한편 공화국은 사회 기반 시설을 재건하는데 노력하며 군대를 정비한다.

이제 공화국과 제국간의 긴장감이 최고조에 달하고, 여러 국경 지역과 심지어 역사적으로 평온했던 알데란 행성에서도 일련의 사소한 충돌과 대리전이 발생한다. 코러산트 조약으로 형성됐던 불편한 휴전이 이제 막 깨지고, 전면전이 발생하려 한다.

새로운 세대의 영웅들이 라이트와 다크 양쪽 진영에서 나타나 이 혼란스러운 시대의 난국을  마주하고, 은하계의 운명을 차지하기 위해 싸운다.